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邻近蛋白标记服务

1、邻近标记技术简介
邻近标记技术(Proximity labeling, PL)是与靶蛋白(POI)融合表达的标记酶(例如APEX2,TurboID等)在融合蛋白附近空间区域将与POI瞬时或持续互作的蛋白进行生物标记。该生物标记是将已知的反应基团,如生物素(Biotin),共价连接到融合蛋白邻近的蛋白质上。然后利用反应基团的纯化方式捕捉POI的互作蛋白。该技术可捕获大量与POI存在瞬时或弱互作的蛋白。邻近标记技术原理如Fig.1所示。

Fig.1 邻近蛋白标记技术原理

 

2、邻近标记体系选择
2.1 APEX2体系:APEX2是在APEX (Ascorbate Peroxidase:抗坏血酸过氧化物酶)基因的基础上进一步工程改造而来。在H2O2存在的情况下,APEX2在1 min内能快速将生物素基酪氨酰胺(Biotin-tyramide,Biotin-phenol)、生物素-4-氨基苯酚(Biotin-4-aminophenol)或生物素-萘胺(Biotin-Naphthylamine, Biotin-Nap)转化为自由基,这些自由基可以标记20 nm半径内无论是直接相互作用的蛋白还是邻近的蛋白任意暴露在外富含电子的氨基酸残基(Tyr, Trp, Cys or His),后续可通过Streptavidin磁珠或凝胶从细胞裂解液中分离纯化生物素标记蛋白,然后通过质谱(Mass spectrometry, MS)鉴定相互作用的蛋白。
2.2 miniTurboID体系: miniTurboID是在E.coli生物素连接酶人工改造获得的TurboID的基础上进一步截短、突变得到的新型生物素连接酶。miniTurboID分子量约28 kDa,因此miniTurboID对融合蛋白功能的影响更小,空间位阻也更小,更容易接近被标记蛋白并产生更好的标记效果。可供选择的两套标记体系如下:

 

APEX2 系统

TurboID 系统

pLenti-CMV-MCS·(G4S)3·APEX2·FLAG-EF1a-Puro

pLenti-CMV-MCS·(G4S)3·TurboID·FLAG-EF1a-Puro

pLenti-CMV-FLAG·APEX2·(G4S)3·MCS-EF1a-Puro

pLenti-CMV-FLAG·TurboID·(G4S)3·MCS-EF1a-Puro


3、邻近蛋白标记技术的优势
① 在活细胞中捕获与诱饵蛋白互作的蛋白;
② 利用生物素与链霉亲和素的高亲和力筛选更多互作的蛋白;
③ 灵敏度高,可捕获作用力弱和瞬时互作的蛋白。


4、技术流程:

维根生物的邻近蛋白标记服务流程如Fig.2所示。
Fig.2 邻近蛋白标记技术流程


5、服务周期:
根据细胞生长特性与基因不同,服务周期在8~10周;


6、客户提供:
靶细胞及其培养方案;
诱饵蛋白信息


7、交付标准:
① 蛋白洗脱液银染胶图;
② 质谱分析数据.

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